Добрый день.
Получается целый букет нарушений:
Статья 126. Непредставление налоговому органу сведений, необходимых для осуществления налогового контроля
Статья 120. Грубое нарушение правил учета доходов и расходов и объектов налогообложения
Статья 122. Неуплата или неполная уплата сумм налога (в рамках ОСНО)
Статья 119. Непредставление налоговой декларации (по НДС и налогу на прибыль)
Определяйте период, в течение которого вы уже обязаны были применять ОСНО:
Цитата: 4. Если по итогам отчетного (налогового) периода доходы налогоплательщика, определяемые в соответствии со статьей 346.15 и подпунктами 1 и 3 пункта 1 статьи 346.25 настоящего Кодекса, превысили 60 млн. рублей и (или) в течение отчетного (налогового) периода допущено несоответствие требованиям, установленным пунктами 3 и 4 статьи 346.12 и пунктом 3 статьи 346.14 настоящего Кодекса, такой налогоплательщик считается утратившим право на применение упрощенной системы налогообложенияс начала того квартала, в котором допущены указанное превышениеи (или) несоответствие указанным требованиям.
Оформляйте счета-фактуры с НДС "сверху" (поскольку предъявить эти суммы покупателям уже не сможете), заполняйте книгу покупок и книгу продаж. Начисляйте налоговую базу по НДС и налогу на прибыль, рассчитывайте налоги и пени., перечисляйте в бюджет. Внесите исправления в КУДиР за период, в течение которого организация неправомерно применяла УСН.
Подайте первичные декларации по налогу на прибыль и НДС (то же самое касается и налога на имущество, если возникли основания для его начисления) и уточненную декларацию по УСН. Потом можно будет подать заявление на возврат излишне уплаченного единого налога.